Identificación in silico de genes putativos de pectato-liasas (E.C. 4.2.2.2) de interés bioprospectivo a partir del metagenoma de bosque altoandino – Parque Nacional Natural Los Nevados

Abstract

En Colombia el único estudio metagenómico en el suelo de ambientes extremos ha sido del proyecto GeBiX, el cual anteriormente ha descrito la presencia de enzimas bioprospectivas y de biorremediación. Uno de los ecosistemas de estudio es el suelo de bosque altoandino del parque Nacional Natural los Nevados, este suelo tiene temperaturas entre 6 y 14 °C, altas precipitaciones (hasta 4000 mm por año), suelo ácido (pH de 5.2) y una gran acumulación de materia orgánica que permite el crecimiento de microorganismos. En el marco del proyecto GeBiX se realizó una base de datos de pectato liasas, enzimas que cortan enlaces alfa-1,4 glicosídicos del ácido poligalacturónico y se encuentra en la pared celular de plantas, bacterias, hongos, arqueas y algunos animales. Se utilizaron herramientas bioinformáticas como BLASTp, análisis de Heatmap y algoritmos propios para depurar bases de datos públicas y crear una base de datos nueva con enzimas putativas de pectato liasas con interés en aplicaciones biotecnológicas. Además, se realizaron análisis filogenéticos para establecer relaciones entre los genes putativos y determinar si esta enzima sirve para identificación taxonómica.