Desarrollo de un nuevo modelo teórico de vacuna sintética candidata contra VIH mediante el uso de simulación con dinámica molecular, herramientas bioinformáticas y datos fisicoquímicos

Abstract

Se saben más cosas del VIH (el virus de la inmunodeficiencia humana que causa el SIDA) que de ningún otro virus en humanos, pero la formulación de una vacuna que pueda protegernos de él ha sido una tarea, hasta la fecha, infructuosa. Parte del problema reside en que a diferencia de la respuesta somática a las infecciones víricas más agudas, la respuesta inmune natural contra el virus VIH no es capaz de controlar la infección, de hecho, en las primeras etapas de progresión de la infección el sistema inmune puede llegar a disminuir la carga viral a un nivel casi indetectable, pero luego la respuesta del sistema inmune se hace ineficiente y empieza a progresar la infección. La alta tasa de replicación del virus en el organismo, unido a los mecanismos de evasión de la respuesta inmune mediante mecanismos de polimorfismos de proteínas y baja inmunogenicidad ha ocasionado que todos los intentos para obtener una vacuna eficaz contra el virus hayan fracasado. Cada estrategia para el diseño de vacunas anti-VIH ha presentado inconvenientes diferentes que las hacen disfuncionales contra el virus. Se modeló un péptido vacuna candidato contra VIH, teniendo en cuenta la dinámica infecciosa del virus, los mecanismos de evasión que emplea el virus contra la respuesta inmunitaria y finalmente aplicando ingeniería de proteínas para simular el modelo de vacuna propuesto y la optimización del mismo por medio de simulación con dinámica molecular en NE1 y GROMACS, la visualización y análisis de estructuras terciarias se llevó a cabo con herramientas bioinformáticas, por lo cual se obtuvo un péptido sintético monomérico de estructura terciaria tipo hoja beta antiparalela, el cual es presentado en su estado de mínima energía, el cual reúne propiedades de estabilidad que lo convierten en una gran alternativa como vacuna anti-VIH.