Resumen:
Se realizó un estudio comparativo de la composición, estructura y diversidad florística, y un análisis multitemporal de las últimas cinco décadas de dos fragmentos de vegetación subandina entre los 1550 (Alto Genagra) y 1850 (Las Guacas) metros de altitud, ubicados en el Altiplano de Popayán, a lo largo del valle intercordillerano del río Cauca. En 0.1 ha se muestrearon todos los individuos con DAP mayor igual a 2.5 centímetros. Se evaluaron los individuos del sotobosque con altura inferior igual a 1.5 metros en 100 m2. Se colectaron libremente individuos del componente epifítico. Se realizaron mapas multitemporales basados en fotografías aéreas tomadas apartir de 1950 para cada sitio. Se caracterizaron las coberturas aledañas a los bosques, cambios de área, cambios estructurales internos y factores externos vinculados a la transformación de cada sitio. Las Guacas presentó mayor riqueza y diversidad florística que Alto Genagra, por ser un área más conservada, de mayor tamaño y por la topografía abrupta. A pesar de la cercanía entre fragmentos, se presentó baja similitud florística en relación con el alto porcentaje de especies raras no compartidas y por una posible diferenciación microfitogeográfica en el Municipio de Popayán. Lauraceae y Rubiaceae fueron las familias más diversas del estrato arbóreo de los dos fragmentos. Nectandra fue el género más rico en especies del bosque Las Guacas, mientras que en Alto Genagra su importancia fue compartida con Inga y Ficus. Araceae fue la familia más diversa del sotobosque en ambos fragmentos. La similitud entre sotobosque y dosel de ambos sitios fue baja, aunque la composición específica de plántulas transitorias en el sotobosque corresponde a especies arbóreas del dosel. Las epífitas fueron la forma de vida más importante al interior de los dos fragmentos, y Bromeliaceae, Orchidaceae y Araceae fueron las familias más diversas. Las Guacas presentó mayor diversidad estructural que Alto Genagra, manifiesta en una alta homogeneidad por estrato con distribución uniforme y marcada de individuos por altura, DAP o cobertura. En ambos sitios se presentó importancia ecológica de pocas especies reflejada en altos valores de IVI y de Simpson. Nectandra lineata (Kunth) Rohwer e Inga longispica Standley fueron las especies más significativas del sotobosque a pesar de no ser importantes en el dosel. Los bosques de galería y humedales constituyeron las mejores áreas de conectividad de las áreas fragmentadas en estudio a través del tiempo. Ambos fragmentos son representantes de la diversidad florística regional y se hacen urgentes planes para su conservación debido especialmente al alto porcentaje de especies raras localizadas muy vulnerables a la extinción de continuar los procesos de fragmentación local.